Plusieurs possibilités.

1) Ubuntu Tweak

Ubuntu Tweak doit être installé après avoir ajouté les sources PPA :

sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-tweak

Une fois installé, l'option se trouve dans Ajustments -> Divers -> Sens de défilement naturel

2) ~/.Xmodmap

Modifier le fichier ~/.Xmodmap en ajoutant tappant la commande suivante : 

echo "pointer = 1 2 3 5 4 7 6 8 9 10 11 12" > ~/.Xmodmap && xmodmap ~/.Xmodmap

Cette commande ajoute la ligne pointer... dans le fichier .Xmodmap (il le crée s'il n'existe pas) et recharge le fichier. Remarque que c'est le fait d'échanger le le 5 et le 4 qui active le scroll inverse.

3) Xinput

C'est à priori la seule méthode qui permet de sélectionner un device unique, pour éviter d'activer le scroll inverse sur la souris par exemple. Première étape, afficher tous les device :

xinput list

La deuxième colonne affichée liste des id. Choisir l'id correspondant au périphérique souhaité. Ensuite, on lance la commande

xinput set-button-map  1 2 3 5 4 6 7 8 9 10 11 12

en remplaçant  par le numéro souhaité. 

Tu peux ajouter cette ligne au fichier ~/.profile pour rendre les modifications permanentes. Elles seront appliquées à chaque ouverture de session pour l'utilisateur courant.